《开心超人联盟之英雄归来》将延续上一部的故事展开。超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大危机等着他们：司令寄给大大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大

受伤的穿山甲、失亲的小山羌、落难的鸟儿们纷纷送入位在池上的野湾，这是中国台湾东部第一家野生动物医院。一幕幕生离死别在此上演，有时喜悦有时伤悲，然而这群兽医师与保育员无暇纠结，因仍有许多落难动物待抢救、

远在西北支教的青年女教师陈娜，了解到孩子们的上学路上都要翻过一个“鬼见愁”的峡谷，十分的危险，有些孩子因此而放弃学业。她通过网络，让大山外的人了解到了孩子们的情况，在各界爱心人士及政府的协助下，一起为

遥远的古灵星被毁灭，幸存的三位超人来到星星球向开心超人求救。以开心超人为首的五位超人为维护宇宙的正义，决定寻找古灵星毁灭的原因。当开心超人追查古灵星毁灭的线索时，却发现多了两个神秘的反派——月舞、星影